Freddie Mercury nasceu na localidade da Cidade de Pedra, em Zanzibar, à época colônia britânica e hoje pertencente à Tanzânia, na África Oriental. Seus pais, Bomi e Jer Bulsara, eram parsis zoroastrianos de Guzerate, na Índia. Mercury foi educado na St. Peter Boarding School, uma escola inglesa perto de Bombaim, onde deu seus primeiros passos no âmbito da canção, ao ter aulas de piano. Foi na escola que ele começou a ser chamado "Freddie" e, com o tempo, até os seus pais passaram a chamá-lo assim.
Depois de se formar em sua terra natal, Freddie e sua família mudaram-se em 1964 para a Inglaterra, devido a uma revolução iniciada em Zanzibar. Ele tinha dezoito anos. Lá diplomou-se em design gráfico e artístico na Ealing Art College, seguindo os passos de Pete Townshend. Esse conhecimento mostrar-se-ia útil depois, quando Freddie projetou o famoso símbolo da banda.
Freddie conheceu na faculdade o baixista Tim Staffell. Tim tinha uma banda na faculdade chamada Smile, que tinha Brian May como guitarrista e Roger Taylor como baterista, e levou Freddie para participar dos ensaios.