Em 1991, após ficar muito doente, surgiram rumores de que estaria com AIDS, o que se confirmou mais tarde através de uma declaração feita por ele mesmo em 23 de novembro, um dia antes de morrer.
Freddie faleceu na noite de 24 de novembro de 1991, em sua casa, chamada Garden Lodge. Sua morte causou repercussão e tristeza em todo o mundo. Sua casa foi passada por testamento à ex-namorada, Mary Austin, que recebeu muitos buquês de flores na época e continua a recebê-los até hoje.
O corpo de Freddie Mercury foi cremado e suas cinzas foram espalhadas na margem do Lago Genebra na Suíça.
Em 25 de novembro de 1992, foi inaugurada uma estátua em sua homenagem, com a presença de Brian May, Roger Taylor, da cantora Montserrat Caballé, Jer e Bomi Bulsara (pais de Freddie) e Kashmira Bulsara (irmã de Freddie), em Montreux, na Suíça, cidade adotada por Freddie como seu segundo lar.
Os membros remanescentes do Queen fundaram uma associação de caridade em seu nome, a The Mercury Phoenix Trust, e organizaram, em 20 de abril de 1992, no Wembley Stadium, o concerto beneficente The Freddie Mercury Tribute Concert, para homenagear o trabalho e a vida de Freddie.
