Nova constituição
Ainda em maio foi aprovada a nova Constituição, para entrar em vigor a partir de fevereiro de 1997. Em março os africâneres, que haviam participado da coalizão, deixam o governo, encerrando assim a fase de transição para o novo regime.
O relacionamento com Graça Machel, o segredo mais "mal guardado" do país, teve coroamento com o casamento em cerimônia privada no palácio presidencial, após a forte pressão exercida publicamente pelo arcebispo emérito Desmond Tutu, que co-celebrou o ritual presidido pelo arcebispo metodista Mvume Dandala; assistido por pequeno grupo de amigos e políticos, o enlace foi confirmado publicamente em pronunciamento do vice-presidente Thabo Mbeki. Pelo fato de ser moçambicana, Machel não teve completa aceitação do povo conservador sul-africano.
Em julho de 1995 cria a Comissão da Verdade e Reconciliação sem poderes judicantes, sob presidência do arcebispo Tutu, que conclui seus trabalhos recomendando fossem processados Botha, Buthelezi e Winnie.
Já em julho de 1998 Mandela ordena uma intervenção militar no Lesoto, que vivia uma situação de anarquia, com saques e lutas, após eleições gerais em maio daquele ano, atitude esta considerada controversa. No dia 16 de junho de 1999 teve fim seu mandato, e Mandela fez seu sucessor em Thabo Mbeki, então com 55 anos, um experiente deputado e seu protegido.